کسری بودجه از ویژگی‌های ساختاری بودجه ناشی از مشکلات بلندمدت اقتصاد است. این مسأله در سال‌های مختلف بسیار شبیه هم بوده و پیش از انقلاب و نیز بعد از آن وجود داشته است. تقریباً در تمام دهه‌های گذشته یعنی از 1345 به‌بعد، بودجه‌های نامتوازن داشته‌ایم. شاید این موضوع برای محققان کشور هم جالب باشد که حتی در سال‌های نیمۀ اول دهۀ 1350 یعنی در فاصلۀ1350 و 1356 که درآمدهای دولت تحت تأثیر جهش‌های بزرگ قیمت نفت، نزدیک به 8 برابر شد، به موازات آن، کسری بودجه هم با همان آهنگ افزایش پیدا کرد. به‌طوری که در سال 1356، یعنی در اوج درآمدهای دولت، کسری بودجه حدود 10 درصد از کل بودجۀ عمومی را  تشکیل می‌داد. بنابراین با یک پدیدۀ ساختاری مواجه هستیم. حال سؤال اینجاست با آن‌که دولت و قانون‌گذار از کسری بودجه و پیامدهای مخرب آن همواره آگاه بوده‌اند، چرا این پدیده به یک ویژگی همیشگی بودجه تبدیل شده است؟

کسری بودجه دولت را می‌توان به دو دستۀ کسری بودجۀ آشکار و پنهان تقسیم کرد. کسری بودجۀ آشکار، به کسری بودجه‌ای گفته می‌شود که در قوانین بودجه به‌صورت واضح در نظر گرفته شده و نحوۀ تأمین آن نیز صراحتاً ذکر می‌شود. اما کسری بودجۀ پنهان به این معناست که دولت مخارجی را انجام می‌دهد که در مقابل آن، منابعی را به‌صورت واضح در قانون پیش‌بینی نکرده و این کسری در نهایت به انواع ناترازی در نظام مالی کشور تبدیل می‌شود. به‌عنوان مثال ممکن است دولت با پیمانکاری که پروژه‌ای را انجام داده بدقولی کند و زمانی که پروژه به اتمام رسید پرداخت آن را انجام ندهد. این پیمانکار نیز از نظام بانکی منابعی را گرفته بوده است که با بدحساب شدن دولت با پیمانکار، عملاً پیمانکار نیز با بانک بدحساب می‌شود. یا دولت خرید گندم را تضمین کرده در حالی که منابعی که برای این خرید لازم است را به‌اندازۀ کافی پیش‌بینی نکرده و باعث می‌شود که این فشار به نظام بانکی منتقل شود. همین طور این ناترازی می‌تواند در صندوق‌های مالی ایجاد شود. در گذشته صندوق بازنشستگی یکی از این صندوق‌ها بود که برای دولت تأمین مالی می‌کرد. اما این صندوق در حال حاضر از لحاظ مالی عملاً کارکردی ندارد و بخش بزرگی از مخارج بازنشستگی روی بودجۀ دولت سوار شده است. اما ممکن است دولت به تعهدات خود به‌عنوان سهم دولت در تأمین اجتماعی به طرق مختلف عمل نکند و ناترازی را در نظام مالی کشور از مسیر بودجه نهادینه کند.